امام حسین(ع) فرزند امام علی(ع) و حضرت فاطمه(س) و نوه حضرت محمد(ص) است. او از خاندان بنی‌هاشم و از قبلیه قریش است. امام حسن مجتبی(ع)، حضرت عباس(ع)، محمد بن حنفیه از برادران و حضرت زینب(س) از خواهران او هستند.

در منابع شیعه و سنی آمده است که پیامبر(ص) نام حسین را بر او نهاد.بر اساس روایات، این نامگذاری به فرمان خداوند انجام گرفت.دو نام حسن و حسین، که قبل از اسلام نزد مردم عرب سابقه‌ای نداشت، معادل شَبَّر و شَبیر (یا شَبّیر)، نام پسران هارون است.

گزارش‌های دیگری نیز درباره نامگذاری او ذکر شده است از جمله اینکه ابتدا امام علی(ع) او را حرب یا جعفر نامید ولی پیامبر(ص) نام حسین را برای او برگزید.برخی این گونه گزارش‌ها را ساختگی خوانده و دلایلی در رد آن برشمرده‌اند.